Tomaten waschen. Für das Häuten Tomaten mit einem Küchenmesser kreuzförmig anritzen, mit kochendem Wasser einige Sekunden überbrühen, abschrecken und häuten. Tomaten vierteln und in Stücke schneiden.
Zwiebeln schälen und würfeln. Chilischote waschen, längs aufschneiden, entkernen, weiße Innenhaut entfernen und fein hacken. Nelken mit Senf- und Pimentkörnern sowie Zimt in ein Stoff- oder Gewürzsäckchen füllen und mit Küchengarn zubinden.
Tomaten mit den Zwiebeln, Chili, 1 TL Salz, Essig und Honig vermischen und in einem Topf unter Rühren aufkochen lassen. Offen bei geringer Hitze ca. 45 Minuten einköcheln lassen, dabei gelegentlich umrühren.
Währenddessen Gläser samt Deckel etwa 10 Minuten in einem großen Topf mit heißem Wasser auskochen. Danach Gläser aus dem Wasser nehmen und zum Auskühlen umgedreht auf saubere Küchentücher stellen.
Das Gewürzsäckchen entfernen und das Chutney mit Salz, Zitronensaft und Pfeffer abschmecken. Sofort in die ausgekochten Gläser gefüllt, ist das Chutney mindestens 4 Wochen kühl und dunkel gelagert haltbar.